Trần Kiến Nhân giữ chức vụ Bộ trưởng Bộ Y tế từ năm 2003 đến 2005. Với tư cách là Bộ trưởng Y tế, ông được khen ngợi vì đã quản lý một cách hiệu quả dịch SARS thông qua các thủ tục kiểm dịch và sàng lọc,[10] mặc dù Đài Loan không phải là thành viên của Tổ chức Y tế Thế giới làm phức tạp sự phối hợp của các nỗ lực nghiên cứu.[12] Trần Kiến Nhân là Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học Quốc gia từ năm 2006 đến năm 2008.

Bầu cử Tổng thống và Phó Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc năm 2016

Ngày 16 tháng 11 năm 2015, Trần Kiến Nhân được xác nhận là ứng cử viên Phó Tổng thống của Thái Anh Văn trong cuộc bầu cử tổng thống Đài Loan năm 2016[13] sau sự suy đoán của truyền thông đại chúng vào đầu tháng.[14][15] Trong chiến dịch, Trần Kiến Nhân trở nên nổi tiếng bởi tên hiệu Đại nhân ca (大仁哥), do một nhân vật do Trần Bách Lâm đóng vai trên dòng phim lãng mạn bi kịch Có lẽ anh sẽ không yêu em (In Time with You).[16] Trần Kiến Nhân là ứng cử viên Phó Tổng thống Công giáo đầu tiên tại Đài Loan. Ngày 16 tháng 1 năm 2016, Thái Anh Văn và Trần Kiến Nhân chiến thắng cuộc bầu cử tổng thống trong sự thắng phiếu lớn. Ông đảm nhận chức vụ Phó Tổng thống vào ngày 20 tháng 5 năm 2016.[17]